分享10种进化树构建美化相关的教程
从1993年的第一版到最新的MEGA 11，在这30年间，MEGA的下载次数达297万，有10万多次引用，MEGA毫无疑问是目前科研人员使用最多的进化树构建软件。
官网：
https://www.megasoftware.net/home
详细教程链接：
《你还在用MEGA６建树吗？全新的MEGAＸ来啦》
《杂志要求进化树用Word可“编辑”，怎么办？》
3.使用ggtree绘制进化树
如果习惯用R语言绘图，可尝试使用ggtree包进行进化树样式的调整和美化，比如可以绘制树枝状的进化树，也可以为不同的Cluster添加背景色块等。
#安装所需的R包；
if(!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
#安装进化树相关R包；
BiocManager::install("ggtree")
BiocManager::install("treeio")
#载入相关的R包；
library(ggtree)
library(treeio)
#读入newick格式的进化树文件；
tr= read.newick("test_tree_bt.nwk", node.label = "label")
#调整进化树为“日光”样式；
p1<- ggtree(tr,layout = "daylight")+
geom_tiplab(size=2,offset=0.03, color="grey10")+
geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b",
alpha=0.4, size=3,shape=21)
p1
#同样的方法，也可以试试其他的样式；
p2<- ggtree(tr,layout = "daylight")+
geom_tiplab(size=1.5,offset=0.03, color="grey10")+
geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b",
alpha=0.4, size=3,shape=21)+
# geom_text(aes(label=node), size=2)+
geom_highlight(node = 121,alpha=0.2,fill="#FF9999")+
geom_highlight(node = 143,alpha=0.2,fill="#99CC00")+
geom_highlight(node = 91,alpha=0.2,fill="#FF9900")+
geom_highlight(node = 99,alpha=0.2,fill="#c77cff")+
geom_highlight(node = 112,alpha=0.2,fill="blue")
p2
详细教程链接：
《如何绘制添加分类色块的进化树？》
《老板！快看我的进化树！》
4.使用ggtree绘制环状进化树
使用ggtree的layout参数可控制进化树布局，提供的样式有roundrect、slanted、ellipse、circular、equal_angle、daylight等。
详细教程链接：
《如何绘制好看的环状进化树？》
5.使用TreeAndLeaf绘制进化树
这个包比较有特点的是它的tree and leaf布局，这个样式更着重于展现叶子的形态，非常漂亮。官方绘图效果如下：
详细教程链接：《8步绘制绝美进化树！》
6.为进化树添加图形元素
经常在文献中看到的系统发育树会有物种剪影图形，如下图，这样的进化树看起来非常美观！如何绘制这般好看的进化树？可以先用MEGA绘制进化树，再使用AI（Adobe Illustrator）添加图形元素。
详细教程链接：
《向高分大佬文章看齐：如何优雅绘制高阶进化树？》
7.使用iTOL美化进化树
关于进化树美化在线工具，你可能首先想到的就是iTOL，它是最受欢迎的进化树注释、美化工具，目前已经更新到第6版。不过，由于iTOL是国外网站，有时候使用起来可能会没那么流畅。
工具链接：https://itol.embl.de/
工具界面如下：
详细教程链接：
《iTOL绘制进化树+结构域》
《进化树+图片：组合图的绘制》
8.使用EvolView美化进化树
EvolView于2012年发布，它是由中国科学院北京基因组研究所开发的一款功能类似iTOL的进化树美化工具，EvolView也非常受欢迎，目前已更新到第4版。由于EvolView是国产在线工具，所以大家不用担心因网速较慢引起的卡顿问题。
工具链接：
http://www.evolgenius.info/evolview/
详细教程链接：
《进化树+条形图：“组合图”的绘制》
《进化树+热图：组合图的绘制》
《听说画好看的进化树需要知道这2个数据库》
《“全自动”绘制进化树+结构域》
《Evolview终章：进化树的装饰与美化》
9.使用FigTree绘制进化树
FigTree是一款基于Java的比较小巧的进化树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Windows、Linux三个版本）已上传到Omicshare论坛。注意，电脑安装Java后，点“figtree.jar” 可直接打开软件。
下载链接：
https://www.omicshare.com/forum/thread-3930-1-1.html
详细教程链接：
《如何绘制“松针”状的进化树？》
10.使用tvBOT美化进化树
关于tvBOT（Tree Visualization By One Table），它是一个较新的交互式国产进化树美化在线工具，功能类似于iTOL和EvolView，支持一键复制进化树的分支标签，整理注释表格非常方便。此外，tvBOT支持Newick、Nexus和phyloXML这3种格式进化树的可视化。
工具链接：
https://www.chiplot.online/tvbot.html
好啦，本次的进化树绘制教程就分享到这里啦！
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